Untuk mengatasi krisis energi dan pemanasan global yang melanda dunia pada saat ini dan mendatang telah dan sedang dilakukan berbagai upaya untuk mencari sumber energi alternatif yang ramah lingkungan, tidak beracun dan dapat diperbaharui sebagai pengganti sumber fosil yang semakin menipis cadangannya. Penelitian ini menggunakan mikroalga Scenedesmus Sp yang dapat dibiakan dan dibudidayakan di habitat air tawar maupun laut Indonesia dan berbagai negara lainnya.Proses transesterifikasi minyak mikroalgaScenedesmus Sp, yang dapat menghasilkan biodiesel sebagai bahan bakar alternatif ini, dilakukan dengan menggunakan methanol dan variasi katalis BF3 (3, 6 ,12 ml) dan suhu (50, 60, 700C). Hasil analisa dengan alat gas chromatography menunjukkan bahwa komposisi metil ester asam-asam lemak (biodiesel) yang optimal adalah pada penambahan BF3 sebesar 12 ml dan suhu 700C. Komposisi FAME (biodiesel) tersebut mengandung C-16:0 (32,70%); C-16:1 (15,59%); C-18: 1n9c (12,34%); C-18:1n9t (8,29%) dan C-18:2n6c (31,08%).